Esses web file manager que você quer só servem para disseminar virus por isso que nem falo sobre eles aqui. E pra usar junto com ISPConfig pior ainda, vou te explicar..
O ISPConfig faz uma coisa muito legal que é criar uma partição diferente para cada site, eles ficam completamente isolados do resto. Enquanto nos cPanel você tem situações onde um hacker noob consegue subir um script que visualiza todos os sites e consegue alterar eles, aqui com ISPConfig mesmo se ele entrar num deles não tem acesso ao resto. E com isso ter um gerenciador global seria abrir a segurança de um negócio muito bem fechado.
Outro grande erro que a galera comete é criar vários sites como subdiretório do principal. Ae não atualizam aquilo, hacker acessa ele e o principal. Tem que fazer sempre em subdomínio, salvo raras exceções.
A ideia de trabalhar com ISPConfig é manter sites em produção saindo dessa loucura de “fuçar” no sistema ou sair instalando maluquices que ensinam em foruns.
E tome cuidado ainda com o esquema de permissões, nunca mexa naquilo. Criando o site com o usuário configurado pra ele você não precisa se preocupar com permissões. Deixe os noobs pra trás na concorrência e mantenha o foco em estabilidade e segurança.
Essa instalação que ensino aqui é conhecida por “The perfect server” exatamente por não precisar nada mais do que já está ai. Atendo hoje clientes pequenos, sites com 15 milhões de hits mês e lojas virtuais que vendem 5 milhões por mês, sempre com a mesma configuração de servidor.