Há algum tempo atrás escrevi como modificar o NginX instalado com o ISPConfig para que o site trate as exceções de erro (por exemplo error 404 página não encontrada), link para o tópico.
Aquela solução é perfeita para usar com WordPress, mas digamos que você tenha um site PHP e não quer escrever exceções para todas as chamadas de página. Neste caso podemos modificar as opções do site no ISPConfig da seguinte maneira:
No ISPConfig selecione o site em “Sites“. Na aba “Domain” desligue a opção “Suas Páginas de Erro” (isso fará com que possamos incluir nossas páginas de erro customizadas e não aquelas padrão do NginX no ISPConfig, exemplo: 404.html).
Clique na aba “Opções” e cole esta linha nas diretivas NginX:
error_page 404 = /404.php;
Crie um arquivo no diretório raiz do seu site chamado 404.php com o conteúdo que desejar.
*Dica: crie uma página customizada que ao invés de exibir um erro, exiba os tópicos recentes ou os últimos artigos do site.