Só para registrar encontrei a solução, está na criação de algumas diretivas com rewrites..
Fonte: https://blog.heitorsilva.com/php/rewrite-do-nginx-para-moodle/#comment-12420
Cód. usado:
location ~ \.php($|/) {
rewrite ^/moodle/(.*)/(.*\.php)(/)(.*)$ /moodle/$1/$2?file=/$4 last;
if ($host ~ ^(www\.)?([a-z0-9\-\.]+)$){
root home/$2/public_html;
access_log logs/$2-access.log main;
}
if (!-e $document_root$document_uri){return 404;}
fastcgi_pass localhost:9000;
fastcgi_index index.php;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
include fastcgi_params;
}
