Blz Isay
Via FTP o backup fica muito lento, mas há algumas alternativas pra isso. Por exemplo, se o site for em WordPress você pode instalar o plugin Updraft Plus e configurar ele para gravar o backup externamente por FTP.
E ainda, se o site for WordPress, a melhor solução de backup é o ManageWP que agora passou a se chamar Orion.
Mas caso o site não seja WordPress, e a demanda de backup não seja alta, digamos somente uma vez por dia, você pode ativar o backup do site na aba Backups dentro do site no painel do ISPConfig, e uma solução pra manter ele externo ao servidor é criar um Volume atachado ao VPS na Digital Ocean e direcionar esses backups para lá. Na aba Sistema em Configurações do Site no ISPConfig você diz onde irá gravar os backups. Lá tem inclusive como apontar para um diretório “mount” e você montar no seu servidor uma unidade externa, por exemplo você poderia montar o Dropbox dentro do servidor e apontar os backups para cairem direto nessa pasta que entregará direto no seu Dropbox.
Para os meus clientes eu mesmo crio scripts de backup que vão desde coisas simples usando rsync até sincronização dos arquivos para o S3 da Amazon em alguns casos. Hoje eu tenho mensalidades a partir de R$ 400,00 que atende até 4 servidores e inclui Consultoria, Gerenciamento, Configurações, Monitoramento 24 hrs. Estou com escritório fixo na Vila Olimpia em São Paulo.